農林水産省は、新型コロナウイルス感染者が発生した時の対応および事業継続に関する基本的なガイドライン(GL)を作成した。農業、食品産業、畜産、木材産、林業経営体、漁業ごとに分け、①予防対策の徹底②感染者や濃厚接触者への対応③施設設備の消毒の実施④業務の継続-の観点から整理し、経営や操業の維持に役立ててもらう。
 各ガイドラインは政府・厚生労働省の示した「新型コロナウイルス感染症について」を踏まえ、対策を求めた。従事者、従業員の体温37・5度以上の熱が4日以上継続した場合の予防対策であること、濃厚接触者と確定した対象者の14日間の出勤停止、自宅待機(漁業では最寄りの港に寄港し、症状の乗組員を下船)など、基本内容はほぼ同じ。
 農業者や農業団体向けガイドラインでは、体温測定と記録を残すことや、また、ハウスや集出荷施設など屋内作業にできる限りマスク着用、多人数で行う場合の換気を行うこととした。業務継続には、責任者の選定による支援体制の整備、代替要員リストの作成など求めている。
 食品産業事業者向けでは、食品(生野菜・果実、鮮魚など)を介した感染事例報告(2月21日段階)がないことから、通常の食中毒予防のために行っている一般的な衛生管理の実施を推奨している。

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