厚生労働省は、新型コロナウイルス感染症対策として編成する２０２０年度第２次補正予算案に「検査体制の充実、感染拡大防止とワクチン・治療薬の開発」として２７１９億円を計上した。過半を占めるのがワクチンの製造支援で、１４５５億円を盛り込んだ。開発中のワクチンの生産体制を事前に整えることで円滑な立ち上げを図るのが狙い。５カ所程度を念頭に設備投資を補助する。
新型コロナウイルスワクチンの円滑な供給を目指し、生産設備に対する企業の投資を促す。１カ所当たり２００億～３００億円を想定する。対象企業は、公募で決定する。接種に必要となるシリンジや注射針の買い上げや備蓄も実施する。
また、ワクチンや治療薬の開発としては６００億円を計上している。うち、５００億円を用いて基金を設置。第１次補正予算同様、日本医療研究開発機構（ＡＭＥＤ）を通じ、開発支援を進める。残る１００億円は、新規作用機序による治療薬の開発、診断・治療法の確立や疫学データの整理、感染防御体制の研究などに投じる。
検査試薬・キットの確保には１７９億円を示し、企業が十分な量を製造・輸入できるように買い上げを行う。抗体検査による感染実態把握のための疫学調査は１４億円とした。
同省全体の予算案の総額は４兆９７３３億円。うち、一般会計が３兆８５０７億円で、労働保険特別会計が１兆４４４６億円。一般会計から労働保険特会への繰り入れがあるため、３２２０億円が重複している。
